点眼液で局所麻酔をします。
角膜上に特殊なインクでマーキングを行います。これはフラップを元に戻すときの位置を正確に合わすために行います。
マイクロケラトームという機械を角膜の表層に当て、フラップを作ります。
作成したフラップをめくります。
エキシマレーザーをおよそ２０秒間照射します。（エキシマレーザーはコンピューターによって制御されておりマイクロメートル（１マイクロメートルは1/1000ミリ）単位で精巧に照射します）
マーキングに合わせ、フラップを元の位置に正確に戻します。
フラップを戻し、自然に接着させます。
